Estudo de genômica comparativa de corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 226 (biovar ovis)

Corynebacterium pseudotuberculosis é uma bactéria Gram-positiva, intracelular facultativa, nãoesporulante, não-capsulada e sem mobilidade, contudo possui fímbria, e pode assumir formas cocóides e filamentosas (pleomórfica), além disto, apresenta crescimento ótimo à 37°C. Este patógeno apresenta dois biovares: ovis que geralmente acomete pequenos ruminantes, e causa a doença linfadenite caseosa, e biovar equi, mais comum em equinos, bovinos, camelídeos, e bubalinos causando a Linfangite ulcerativa. A infecção por esta bactéria pode levar a condenação das carcaças e redução de lã (em ovinos e caprinos), leite e carne destes animais, e consequentemente a perdas econômicas para a indústria agropecuária mundial. Atualmente, ainda não existe uma vacina eficaz para estas doenças. A fim de obter um maior entendimento biológico entre as espécies o presente trabalho tem como objetivo principal analisar, por meio da genômica comparativa a linhagem C. pseudotuberculosis 226 biotipo ovis isolada de um caprino na Califórnia com outras linhagens do biovarar ovis e equi. Na análise de sintenia entre as linhagens foi possível identificar que a linhagem 226 apresenta alta conservação da ordem gênica entre as linhagens do biótipo ovis. Através de análises filogenômicas foi possível identificar que as linhagens I19 e 267 apresentaram maior e menor proximidade filogenética com a linhagem 226. A linhagem 1/06-A foi a que apresentou maior proximidade filogenômica entre as linhagens do biovar equi, quando comparadas a linhagem 226. Foram preditas 8 ilhas de patogenicidade, estando presente na ilha 1 os genes relacionados a virulência de C. pseudotuberculosis mais bem descritos na literatura. Não houveram regiões novas relacionadas a genes de virulência entre nenhuma das linhagens. Foram identificados 248 genes ortólogos entre as linhagens I19, 267 e 226 e 282 genes ortólogos entre as linhagens 258,1/06-A e 226. Com base nesse estudo é possível inferir que as linhagens do biovar ovis possuem um repertório gênico pouco variado e que as linhagens do biovar equi apresentam uma quantidade menor de genes compartilhados com a linhagem 226, corroborando com a diversidade gênica entre os biovares.

Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração

O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas.

Prevalência e etiologia da mastite bovina na bacia leiteira de Rondon do Pará, estado do Pará

O objetivo do presente trabalho foi pesquisar a prevalência e a etiologia da mastite bovina na bacia leiteira do município de Rondon do Pará, bem como avaliar o perfil de sensibilidade e resistência dos agentes isolados frente aos antimicrobianos. Foram avaliadas 237 vacas mestiças de aptidão leiteira, pertencentes a nove propriedades, as quais utilizavam ordenha manual uma vez ao dia e sistema de criação extensivo em pastagens de Brachiaria brizantha, com fornecimento de sal mineral e água ad libitum. Realizou-se o exame clínico da glândula mamária, o teste da caneca telada e o California Mastitis Test. Dos 935 quartos mamários avaliados, 6,6% apresentaram mastite subclínica, 1,3% mastite clínica e 92,1% foram negativos. As bactérias isoladas na mastite clínica foram Staphylococcus spp. coagulase negativo (25%), Staphylococcus aureus (16,7%), Streptococcus spp. (8,3%) e Corynebacterium spp. (8,3%). Na mastite subclínica foram Staphylococcus spp. coagulase negativo (32,3%), Staphylococcus aureus (17,7%), Staphylococcus intermedius (1,6%), Streptococcus spp. (4,8%), Corynebacterium spp. (4,8%) e Staphylococcus spp. coagulase negativo/S. aureus (1,6%). Não houve crescimento microbiano em 41,7% das amostras com mastite clínica e 37,1% com mastite subclínica. No antibiograma, 100% dos isolados de Staphylococcus spp. coagulase negativo, S. aureus, S. intermedius, e Streptococcus spp. foram sensíveis ao sulfazotrim. Por outro lado Corynebacterium spp. foi 100% resistente ao mesmo antimicrobiano. A cefalotina, cefoxitina e gentamicina, apresentaram eficácia frente às bactérias isoladas do gênero Staphylococcus spp., as quais neste trabalho representam a grande maioria dos agentes causadores de mastite. A mastite foi diagnosticada em todos os rebanhos pesquisados, contudo o número de animais acometidos foi considerado baixo; isso provavelmente deve-se à baixa produção de leite dos animais e a permanência do bezerro ao pé após a ordenha, o que favorece o esvaziamento da glândula mamária. Diante disso, faz-se necessário que medidas higiênico-sanitárias e de manejo sejam adotadas.

Análise bacteriológica de sêmen de catitus (Tayassu tajacu) criados em cativeiro

Realizou-se a análise microbiológica de sêmen de 10 catitus machos criados em cativeiro no período de outubro de 2007 a janeiro de 2009, num total de 84 analises, com o objetivo de identificar a presença e freqüência de bactérias no mesmo, além de testar a sensibilidade de diferentes antimicrobianos frente aos microrganismos isolados. Nesse período, isolou-se um total de 225 colônias sendo 80 (35,6%) de Streptococcus sp., 72 (32%) Staphylococcus sp., 64 (28,4%) Micrococcus sp., 5 (2,2%) Corynebacterium sp. e 4 (1,8%) Enterococcus sp..Nos testes de sensibilidade utilizando onze antibióticos destacaram-se a Gentamicina (92,8%), Amicacina (85,3) entre aqueles mais eficazes frente aos microrganismos isolados. Concluiu-se que apesar da freqüência e dos gêneros dos microrganismos isolados no sêmen a taxa reprodutiva dos animais não foi afetada uma vez que essas bactérias podem ser provenientes da flora normal ou do meio em que os animais vivem, recomendando-se os antimicrobianos mais eficazes contra os microrganismos isolados para serem adicionados no diluidor caso haja necessidade de resfriamento do sêmen desses animais.